inicio > investigadores

investigadores

Jorge Valdés

 

Email: jorge.valdes@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestro laboratorio combina el uso de secuenciación masiva paralela con  herramientas bioinformáticas basadas en teoría de redes para identificar genes, vías y redes génicas las cuales se encuentran asociadas con diferentes fenotipos. Actualmente estamos utilizando estos enfoques y herramientas para entender las bases moleculares asociadas a neurodegeneración.

 

Últimas Publicaciones:

 

Yañez AJ, Molina C, Haro RE, Sanchez P, Isla A, Mendoza J, Rojas-Herrera M, Trombert A, Silva AX, Cárcamo JG, Figueroa J, Polanco V, Manque P, Maracaja-Coutinho V, Olavarría VH. Draft Genome Sequence of Virulent Strain AUSTRAL-005 of Piscirickettsia salmonis, the Etiological Agent of Piscirickettsiosis. Genome Announc. Oct 16;2(5). (2014).

 

Rojas R, Segovia C, Trombert AN, Santander J, Manque P. The effect of tunicamycin on the glucose uptake, growth, and cellular adhesion in the protozoan parasite Crithidia fasciculata. Curr Microbiol. Oct; 69(4):541-8 (2014).

 

Roche JK, Rojo AL, Costa LB, Smeltz R, Manque P, Woehlbier U, Bartelt L, Galen J, Buck G, Guerrant RL. Intranasal vaccination in mice with an attenuated Salmonella enterica Serovar 908htr A expressing Cp15 of Cryptosporidium: impact of malnutrition with preservation of cytokine secretion. Vaccine 31, 912-918 (2013).

 

Manque P*, Woehlbier U*, Lara AM, Tenjo F, Alves J and Buck GA. Identification and characterization of a novel calcium-activated apyrase from Cryptosporidium parasites and its potential role in pathogenesis. PloS One, 7, e31030. (2012)*: Equal contribution.

 

Manque P, Tenjo F, Woehlbier U, Lara AM, Serrano MG, Xu P, Alves JM, Smeltz RB, Conrad DH, Buck GA. Identification and immunological characterization of three potential vaccinogens against Cryptosporidium species. Clin Vaccine Immunol 18, 1796-1802 (2011).

 

Manque P, Probst CM, Pereira MC, Rampazzo RC, Ozaki LS, Pavoni DP, Silva Neto DT, Carvalho MR, Xu P, Serrano MG, Alves JM, Meirelles Mde N, Goldenberg S, Krieger MA, Buck GA. Trypanosoma cruzi infection induces a global host cell response in cardiomyocytes. Infect Immun 79, 1855-1862(2011).

 

Graça-de Souza VK, Monteiro-Góes V, Manque P, Souza TA, Corrêa PR, Buck GA, Ávila AR, Yamauchi LM, Pinge-Filho P, Goldenberg S, Krieger MA, Yamada-Ogatta SF. Sera of chagasic patients react with antigens from the tomato parasite Phytomonas serpens. Biol Res 43, 233-241 (2010).

 

Holetz FB, Alves LR, Probst CM, Dallagiovanna B, Marchini FK, Manque P, Buck G, Krieger MA, Correa A, Goldenberg S. Protein and mRNA content of TcDHH1-containing mRNPs in Trypanosoma cruzi. FEBS J 277, 3415-3426 (2010).

 

Vanee N, Roberts SB, Fong SS, Manque P, Buck GA. A genome-scale metabolic model of Cryptosporidium hominis. Chem Biodivers 7, 1026-1039 (2010).

 

Cohn B*, Manque P*, Lara AM, Serrano M, Sheth N, Buck G. Putative cis-regulatory elements associated with heat shock genes activated during excystation of Cryptosporidium parvum. PLoS One 5, e9512 (2010). *: Equal contribution.

 

**Alves LR, Avila AR, Correa A, Holetz FB, Mansur FC, Manque P, de Menezes JP, Buck GA, Krieger MA, Goldenberg S. Proteomic analysis reveals the dynamic association of proteins with translated mRNAs in Trypanosoma cruzi. Gene 452, 72-78 (2010).

 

Cobb D, Guo S, Lara AM, Manque P, Buck G, Smeltz RB.T-bet-dependent regulation of CD8+ T-cell expansion during experimental Trypanosoma cruzi infection. Immunology 128, 589-599 (2009).

 

Yang YL, Serrano MG, Sheoran AS, Manque P, Buck GA, Widmer G. Over-expression and localization of a host protein on the membrane of Cryptosporidium parvum infected epithelial cells. Mol Biochem Parasitol 168, 95-101 (2009).

 

**Roberts SB, Robichaux JL, Chavali AK, Manque P, Lee V, Lara AM, Papin JA, Buck GA. Proteomic and network analysis characterize stage-specific metabolism in Trypanosoma cruzi. BMC Syst Biol 16, 3:52 (2009).

 

Gomes IN, Palma LC, Campos GO, Lima JG, DE Almeida TF, DE Menezes JP, Ferreira CA, Santos RR, Buck GA, Manque P, Ozaki LS, Probst CM, DE Freitas LA, Krieger MA, Veras OS. The scavenger receptor MARCO is involved in Leishmania major infection by CBA/J macrophages. Parasite Immunol 31, 188-198 (2009). 

Soledad Undurraga Ph.D.Soledad Undurraga Ph.D.

 

Profesora Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática

del Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: soledad.undurraga@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Doctora en Biotecnología Vegetal de la Universidad de Connecticut, USA.

Investigadora Postdoctoral del Centro FAS de Biología de Sistemas de la Universidad de Harvard y el Departamento de Ciencias Genómicas de la Universidad de Washington, USA.

Bioquímica de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Pontificia Universidad Católica de Chile.

 

 

Líneas de Investigación:

 

La respuesta de las plantas a ambientes nuevos y cambiantes es fundamentalmente importante en un mundo afectado por el calentamiento global. En todos los organismos, los rasgos fenotípicos son el resultado de complejas interacciones entre el genotipo y el medio ambiente. Nuestro enfoque es la utilización del modelo de planta Arabidopsisthaliana para estudiar los efectos del estrés abiótico sobre genotipos con bajos niveles de la proteína chaperona Hsp90, la cual afecta la expresión de diversos fenotipos en condiciones normales. Utilizando herramientas de genética, biología molecular, bioquímica y métodos estadísticos, estamos analizando caracteres dependientes de Hsp90 que afecten la respuesta al estrés ambiental.

 

Últimas Publicaciones:

 

Rival P, Bale J, Press MO, Grancharova T, Undurraga SF*, Queitsch C*. A conserved PFT1 tandem repeat length is crucial for proper flowering in Arabidopsis thaliana. Genetics 114:167866(2014).*: Co-autorescorrespondientes.

 

Undurraga SF, Press MO, Legendre M, Bujdoso N, Bale J, Wang H, Davis SJ, Verstrepen KJ, Queitsch C. Background-dependent effects of polyglutamine variation in the A. thaliana gene ELF3.  Proc Natl Acad Sci  109, 19636-7 (2012).   

 

Undurraga SF*, Santos MP*, Paez-Valencia J, Yang H, Hepler PK, Facanha AR, Hirschi KD, Gaxiola RA. Arabidopsis sodium dependent and independent phenotypes triggered by H+-PPase up-regulation are SOS1 dependent. Plant Sci 183, 96-105 (2012). 

 

Sangster TA, Salathia N, Undurraga S, Milo R, Schellenberg K, Lindquist S, Queitsch C. HSP90 affects the expression of genetic variation and developmental stability in quantitative traits.  Proc Natl Acad Sci 105, 2963-2968 (2008). 

 

Sangster TA, Salathia N, Lee HN, Watanabe E, Schellenberg K, Morneau K, Wang H, Undurraga S, Queitsch C, Lindquist S. HSP90-buffered genetic variation is common in Arabidopsis thaliana. ProcNatlAcadSci 105(8):2969-74(2008).

 

Víctor Polanco Castro Ph.D.Víctor Polanco Castro Ph.D.

 

Director Escuela de Biotecnología, Universidad Mayor.

Profesor Asistente, Laboratorio de Biotecnología Vegetal del Centro de Genómica y Bioinformática, Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: victor.polanco@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

Doctor en Biotecnología de la Universidad Católica de Valparaíso, Chile.

Investigador Postdoctoral en el centro de Biotecnología de Alimentos del Instituto Nacional de Investigación Agrícola (INA), Chile. Bioquímico de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile.

 

 

Líneas de Investigación:

 

Las antocianinas son pigmentos fenólicos metabólicos secundarios, conocidas colectivamente como flavonoides, las que se encuentran principalmente en frutas y flores. Estos pigmentos vegetales tienen potentes efectos promotores nutricionales y de salud, por lo que las frutas que los contienen han atraído cada vez más la atención como alimentos funcionales. Nuestro laboratorio busca entregar una comprensión molecular de la biosíntesis y la regulación de la vía de las antocianinas en los berries nativos chilenos, con un enfoque particular en la genómica del Maqui (Aristotelia chilensis), clasificada como la “superfruta” más poderosa en el mundo, debido a su inmensa capacidad antioxidante. Nuestra investigación se realiza utilizando tecnología innovadora la que facilita el descubrimiento de genes en las especies que aun no han sido secuenciadas por métodos convencionales, por lo que es una excelente opción para el estudio de nuestras especies nativas.

 

Últimas Publicaciones:

 

Yañez AJ, Molina C, Haro RE, Sanchez P, Isla A, Mendoza J, Rojas-Herrera M, Trombert A, Silva AX, Cárcamo JG, Figueroa J, Polanco V, Manque P, Maracaja-Coutinho V, Olavarría VH. Draft Genome Sequence of Virulent Strain AUSTRAL-005 of Piscirickettsia salmonis, the Etiological Agent of Piscirickettsiosis. Genome Announc. Oct 16;2(5). (2014).

 

Díaz M, Polanco V, Ramírez Iand Peña-Cortés H . Molecular cloning and expression analysis of 12-oxophytodienoate reductase cDNA by wounding in Solanum tuberosum. Electronic Journal of Biotechnology 15, N°1 (2012). 

 

Olavarría V, Trombert AN, Polanco V, Valenzuela K, Oliver C, Rojas M, Bravo S, Figueroa J, Cárcamo JG, Manque P and Yañez A. Genome analysis of a salmon pathogen Piscirickettsia salmonis reveals insight into metabolism and pathogenesis", PPATHOGENS-D-12-00108 (2012).

 

Polanco V, Díaz M, Sánchez C, Mercado A, Rojas M, Ramírez I, Prieto H and Peña-Cortés H. Molecular cloning and characterization of a novel 12-oxophytodienoate reductase 3 from grapevine and its gene expression during wound and Botrytis cinerea infection. ID JPGR-12-0004 (2012). 

 

Polanco V, Pérez-Torres E, Becerra V.and Paredes M.Advances in plant biotechnologyfor confer resistance to fungal diseases in apple crops. Chilean Journal of Agricultural Research 70, 260-269 (2010).

 

PolancoV, Pérez-Torres E, Paredes M and Becerra V. Gene Expression Analysis: A way to study tolerance to abiotic stresses in crops species. Chilean Journal of Agricultural Research 69, 260-269 (2009). 

Nicole Trefault Ph.D.Nicole Trefault Ph.D.

 

Profesora Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática

del Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: nicole.trefault@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Doctora en Microbiología y Genética Molecular de la Pontificia Universidad Católica de Chile.

Investigadora Postdoctoral en Ecología Microbiana y Ecotoxicología de la Pontificia Universidad Católica de Chile.

Bioquímica de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Chile.

 

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestro laboratorio tiene intereses relacionados con la microbiología ambiental y la biotecnología de sistemas naturales, particularmente en ambientes marinos y extremos. Utilizamos herramientas de genética molecular, (meta) genómica y bioinformática para explorar la diversidad, composición, asociaciones simbióticas y el potencial génico y biotecnológico de las poblaciones microbianas en estos sistemas. Específicamente estamos desarrollando estudios en: (i) Metagenómica funcional de comunidades de microorganismos asociados a invertebrados marinos (ii) química ecológica de toxinas fitoplanctónicas (iii) estructura comunitaria de fitoplancton eucariontes en sistemas polares (iv) ecología de fitoplancton nocivo.

 

Últimas Publicaciones:

 

Plominsky AM, Delherbe N, Ugalde JA, Allen EE, Blanchet M, Ikeda P, Santibañez F, Hanselmann K, Ulloa O, De la Iglesia R, von Dassow P, Astorga M, Gálvez MJ, González ML, Henríquez-Castillo C, Vaulot D, Lopes do Santos A, van den Engh G, Gimpel C, Bertoglio F, Delgado Y, Docmac F, Elizondo-Patrone C, Narváez S, Sorroche F, Rojas-Herrera M, Trefault N. Metagenome sequencing of the microbial community of a solar saltern crystallizer pond at cáhuil lagoon, chile. Genome Announc. Nov 13;2(6). (2014).

 

Kumar A, Trefault N, Olaniran AO. Microbial degradation of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid: Insight into the enzymes and catabolic genes involved, their regulation and biotechnological implications. Crit Rev Microbiol. Jul 24:1-15. (2014).

 

De la Iglesia, R. and Trefault, N. Marine photosynthetic eukaryotes in polar systems: unveiling phytoplankton diversity and composition in Antarctic waters. Revista Chilena de Historia Natural. 85, 435-443 (2012).

 

Boher F, Trefault N, Piulachs M, Bellés X, Godoy-Herrera R, Bozinovic F.* Biogeographic origin and thermal acclimation interact to determine survival and hsp90 expression in Drosophila species submitted to thermal stress. Comparative Biochemistry and Physiology  162, 391-396 (2012).

 

Trefault N, Krock B, Delherbe N, and Vásquez M. Latitudinal transects in the southeastern Pacific Ocean reveal a diverse but patchy distribution of phycotoxins. Toxicon 58, 389-397 (2011). 

 

Soto-Liebe K, MurilloA, Krock B, Stucken K, Fuentes-ValdésJ.J, Trefault N, Cembella A. and Vásquez M.  Reassessment of the toxin profile of Cylindrospermopsis raciborskii T3 and function of putative sulfotransferases on synthesis of sulfated and sulfonated PSP toxin. Toxicon 56, 1350-1360 (2010).

 

Trefault N, Guzmán L, Pérez H, Godoy M. and González B. Involvement of different transcriptional regulators in the differential expression of tfd genes in Cupriavidus necator JMP134. Int Microbiol 12, 97-106 (2009).

Andrea Calixto Ph.DAndrea Calixto Ph.D

 

Profesora Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática

del Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: andrea.calixto@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Doctor of Philosophy, Columbia University, New York, USA.

Investigadora Postdoctoral en Neurociencia de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Pontificia Universidad Católica de Chile.

Licenciada en Microbiología de la Universidad de la Habana, Cuba.

Magister de la Universidad de Columbia, Estados Unidos.

 

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestro laboratorio estudia fenómenos de comunicación en respuesta a estrés celular usando Caenorhabditis elegans como organismo modelo. Específicamente factores genéticos, ambientales y moleculares que modulan la degeneración y regeneración neuronal y defensa ante patógenos microbianos. Algunas de las preguntas que queremos responder son: (i) Cómo cambios metabólicos tales como la formación de diapausa y la desregulación de la vía de la insulina afectan la degeneración neuronal y contribuyen a la regeneración de las neuronas dañadas (ii) Qué genes contribuyen a retrasar o acelerar la degeneración neuronal de C. elegans en modelos de enfermedades neurodegenerativas y los diferentes aspectos que contribuyen a la susceptibilidad diferencial de las neuronas a los estímulos prodegenerativos (iii) RNA de interferencia como un mecanismo transgeneracional de defensa ante patógenos bacterianos y RNAs pequeños como elementos de comunicación celular. (iv) Cómo patógenos microbianos modulan el comportamiento de los organismos: la relación entre microbio y huésped, y cómo cada uno contribuye al resultado de esta interacción.

 

Últimas Publicaciones:

 

Calixto A, Jara JS, Court FA. Diapause formation and downregulation of insulin-like signaling via DAF-16/FOXO delays axonal degeneration and neuronal loss. PLoS Genet 8: e1003141 (2012). 

 

Calixto A, Chelur D, Topalidou I, Xiaoyin Chen and Chalfie M. Enhanced neuronal RNAi in C. elegans using SID-1. Nature Methods 7, 554-559 (2010).

 

Calixto A, Ma C and Chalfie M. Conditional gene expression and RNAi using MEC-8- dependent splicing in C.elegans. Nature Methods 7, 407-411 (2010). 

Alex Slater Ph.D.Alex Slater Ph.D.

 

Profesor Asistente, Centro de Genómica y Bioinformática,

Facultad de Ciencias, Universidad Mayor.

 

Email: awslater@gmail.com

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Licenciado en Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile.

Licenciado en Educación, Universidad Andrés Bello.

Doctor en Ciencias Biológicas con mención en Genética Molécular, Pontificia Universidad Católica de Chile.

 

 

Líneas de Investigación:

 

Mis investigaciones están enfocadas en la identificación de patrones de secuencia, estructura y función en proteínas con el propósito de construir hipótesis y modelos que expliquen la evolución de diferentes familias de proteínas. Para establecer relaciones e integrar estas tres clases de información, utilizo un paradigma basado en la biología de sistemas. Mi aproximación a la resolución de estos problemas está basada en el uso de herramientas bioinformáticas, haciendo uso de herramientas previamente desarrolladas, así como implementando nuevos algoritmos para el análisis de estos datos. Finalmente, como resultado espero extraer patrones que sean biológicamente significativos que puedan ser sintetizados para describir la historia evolutiva de dominios de proteínas. Actualmente trabajo en dos proyectos principales (i) Relación secuencia/estructura en proteínas que participan en la replicación del ADN y (ii) Caracterización de patrones de unión a factores de transcripción en plantas.

 

Últimas Publicaciones:

 

Slater, A.W., Castellanos, J.I., Sippl, M.J. and Melo, F. Towards the development of standardized comparison, ranking and evaluation of structure alignments. Bioinformatics 29, 47-53. (2013)

 

Schüller A., Slater A.W., Norambuena T., Cifuentes J.J., Almonacid L.I., Melo F. Computer-Based Annotation of Putative AraC/XylS-Family Transcription Factors of Known Structure but Unknown Function. Journal of Biomedicine and Biotechnology, 103132. (2012)

 

Aceituno, F.F., Orellana, M., Torres, J., Mendoza, S., Slater, A.W., Vidal, E.A., Melo, F. and Agosin, E. Oxygen response of the wine yeast Saccharomyces cerevisiae EC1118 strain grown under carbon-sufficient, nitrogen-limited oenological conditions. Applied and Environmental Microbiology 78, 8340-52. (2012)

 

Faunes F., Sánchez N., Moreno M., Olivares G.H., Lee-Liu D., Almonacid L., Slater A.W., Norambuena T., Taft R.J., Mattick J.S., Melo F., Larraín J. Expression of transposable elements in neural tissues during Xenopus development. PLoS One 6,e22569. (2011)

 

Gazitúa, M.C., Slater, A.W., Melo, F., González, B. Novel alpha-ketoglutarate dioxygenase tfdA-related genes are found in soil DNA after exposure to phenoxyalkanoic herbicides. Environmental Microbiology 12,2411-25. (2010)

 

Vergara, I. A., Norambuena, T., Ferrada, E., Slater, A., Melo, F. StAR: a simple tool for the statistical comparison of ROC curves. BMC Bioinformatics 9,265. (2008)

Florencia Tevy Ph.D.Florencia Tevy Ph.D.

 

Profesora Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática

del Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: florenciatevy@gmail.com

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Doctora en Bioquímica de la Universidad de Boloña, Italia.

Investigadora Postdoctoral en Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), Barcelona, España.

Licenciada en Genética de la Universidad Nacional de Misiones, Argentina.

 

Líneas de Investigación:

 

El objetivo principal de mi investigación es contribuir al estudio de los mecanismos que conllevan al envejecimiento del organismo, haciendo hincapié en estudios metabólicos, mecanismos de neurodegeneración y la comunicación entre órganos. Mi laboratorio está interesado en entender como el metabolismo y la comunicación entre órganos influencian la edad biológica individual (individual body time) propia de un organismo. El envejecimiento es el principal factor de riesgo para enfermedades neurodegenerativas, enfermedades cardiovasculares, diabetes o cáncer. Con el incremento en la expectativa de vida de la población mundial y los cambios en el estilo de vida cotidiano, la incidencia en estas enfermedades relacionadas con el envejecimiento ha aumentado. Desde un punto de vista molecular, el envejecimiento se puede traducir en el declive de los mecanismos homeostáticos que aseguran la correcta función celular. Este declive es determinado por la edad biológica individual del individuo. Esta edad biológica individual es resultado de múltiples factores genéticos, epigenéticos y ambientales. Desde mi perspectiva, para mejorar nuestros conocimientos sobre los mecanismos que determinan la edad biológica individual y aquellos mecanismos que conllevan al envejecimiento, es necesario atacar el problema de forma multidisciplinaria e integrativa.

 

Especialidades: metabolismo, neurodegeneración, envejecimiento, Drosophila.

 

Últimas Publicaciones:

 

Sinadinos C, Valles-Ortega J, Boulan L, Solsona E, Tevy MF, Marquez M, Duran J, Lopez-Iglesias C, Calbó J, Blasco E, Pumarola M, Milán M, Guinovart JJ. Neuronal glycogen synthesis contributes to physiological aging. Aging Cell. Oct;13(5):935-45. doi: 10.1111/acel.12254. Epub 2014 Jul 25. PMID: 25059425. (2014)

 

Tevy MF, Seyres D, Traina C, Perrin L, Capovilla M. Ndae1 expression and regulation in Drosophila embryos. PLoS One. Mar 27;9(3):e92956. doi: 10.1371/journal.pone.0092956. eCollection. PMID: 24676142. (2014)

 

Saez I, Duran J, Sinadinos C, Beltran A, Yanes O, Tevy MF, Martínez-Pons C, Milán M, Guinovart JJ. Neurons have an active glycogen metabolism that contributes to tolerance to hypoxia. J Cereb Blood Flow Metab. Jun;34(6):945-55. doi: 10.1038/jcbfm.2014.33. Epub 2014 Feb 26.PMID: 24569689. (2014)

 

Mazzoccoli G, Tevy MF, Borghesan M, Delle Vergini MR, Vinciguerra M. Caloric restriction and aging stem cells: the stick and the carrot? Exp Gerontol. Feb;50:137-48. doi: 10.1016/j.exger.2013.10.014. Epub 2013 Nov 6. . PMID: 24211426. (2014)

 

Vinciguerra M, Tevy MF, Mazzoccoli G. A ticking clock links metabolic pathways and organ systems function in health and disease. Clin Exp Med. May;14(2):133-40. doi: 10.1007/s10238-013-0235-8. Epub Apr 4. PMID: 23553127. (2013)

 

Vinciguerra M, Borghesan M, Pazienza V, Piepoli A, Palmieri O, Tarquini R, Tevy MF, De Cata A, Mazzoccoli G. The transcriptional regulators, the immune system and the the circadian clock. J Biol Regul Homeost Agents. Jan-Mar;27(1):9-22. PMID: 23489683. (2013)

 

Tevy MF, Giebultowicz J, Pintus Z, Mazzoccoli G, Vinciguerra M. Aging signaling pathways and circadian clock-dependent metabolic derangements. TEM 24, 229-237 (2013). 

 

Duran J, Tevy MF, Garcia- Rocha M, Calbó J, Milán M, Guinovart JJ. Deleterious effects of neuronal accumulation of glycogen. EMBO Mol Med 4, 719-729 (2012).

 

Amodio V, Tevy MF, Traina C, Ghosh TK, Capovilla M. Transactivation in Drosophila of human enhancers by human transcription factors involved in congenital heart diseases. Dev Dyn. Jan;241(1):190-9. doi: 10.1002/dvdy.22763. Epub 2011 Oct 11. PMID: 21990232. (2012)

 

Monier B, Tevy MF, Perrin L, Capovilla M, Sémériva M. Downstream of homeotic genes: in the heart of Hox function. Fly (Austin). Mar-Apr;1(2):59-67. Review. PMID: 18820463. (2007)

 

Robert Gálvez Rojas Ph.D.Robert Gálvez Rojas Ph.D.

 

Profesor Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática

del Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: robert.rojas@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Tecnólogo Médico, Departamento de Tecnología Médica, Universidad de Antofagasta, Chile.

Magister en Ciencias Biológicas, Departamento de Parasitología de la Universidad de São Paulo, Brasil. Doctor en Microbiología del Departamento de Microbiología, Universidad de São Paulo, Brasil. Postdoctorado en microbiota intestinal, Universidad de Gotemburgo, Gotemburgo, Suecia.

 

Líneas de Investigación:

 

Proyectos en funcionamiento:

 

1) Mecanismos de quorum sensing y actividad neurohormonal en miembros de la microbiota intestinal y patógenos bacterianos;

2) Análisis metagenómico y marcadores de microRnas en niños escolares con obesidad infantil;

3) Transplante de microbiota como terapia para reducir la obesidad infantil;

4) Transplante de microbiota como terapia para reducir la colitis ulcerosa;

5) Biología de IgA en el tracto intestinal;

6) Transplante de microbiota como terapia para reducir los niveles de depresión en niños escolares del país;

7) Transplante de microbiota como terapia para reducir la artritis reumatóide (Lupus).

 

Proyectos Nacional vigente:

 

FONDECYT Initiation into Research 2013-2015, entitled: “The Role of the intestinal Muc2 mucin in the Vibrio cholerae quorum sensing responses along the intestinal tract”.

 

Últimas Publicaciones:

 

Rojas RL., Ahn I, Suarez B and Silber AM Uptake and occurrence of GABA in Trypanosoma cruzi. (submmited). (2014)

 

Nicolas Favi, Genaro Saavedra, Camila Avendaño, Cinthya Alvarez, Nelly Belen, Felipe Grunenwald, Patricio Manque and Robert Rojas. Differential effects of neuroendocrine hormones on Salmonella chemotaxis using amino acids neurotransmitters and tryptophan. (manuscript in preparation). (2014)

 

Rojas, RL., Favi N., Saavedra G., Vasquez J., Santander J. Short Communication: The cannabinoid receptors ligand anandamide induces bacterial chemotaxis and it is increased to the presence of glutamate and GABA. (Submmited). (2014)

 

Javier Santander, Jacquelyn Kilbourne, Jie-YeunPark,a Taylor Martin, Amanda Loh, Ignacia Diaz, Robert Rojas, Cristopher Segovia, Dale DeNardo, Roy Curtiss III. Inflammatory Effects of Edwardsiella ictaluri Lipopolysaccharide Modifications in Catfish Gut . Infection and Immunity (doi: 10.1128/IAI.01697-14). (2014)

 

Rojas, RL, Segovia, C.,Trombert NA, Santander J., Manque P. The effect of tunicamycin on the glucose uptake, growth and cellular adhesion in the protozoan parasite Crithidia fasciculata. Current Microbiology (DOI : 10.1007/s00284-014-0620-x.). (2014)

 

Galvez Rojas, RL., Nepomuceno, R., Nishidomi S., Ferrari, M., Oshio E. and De Cássia Ferreira RC. L-Glutamate transport and xanthan gum production in the plant bacterial pathogen Xanthomonas axonopodis pv. citri. World J Microbiol Biotechnol (DOI 10.1007/s11274-013-1383-4). (2013)

 

Galvez Rojas, RL., Leticia V. Bentancor, Priscilla Gomes, Maria Elisabeth Sbrogio-Almeida, Liliana M Massis, Rita de Cassia C. Ferreira, Marina S. Palermo and Luis Carlos de Souza Ferreira. Salmonella Typhimurium vaccine strains encoding a non-toxic Stx2 derivative induce partial protective immunity to the toxin expressed by enterohemorragic Escherichia coli (EHEC). Clinical and Vaccine Immunology. 17, 529-536. (2010)

 

Martins, RM, Covarrubias, C., Galvez Rojas, RL., Silber, AM and Yoshida, N. Use of L-proline and ATP production by Trypanosoma cruzi metacyclic forms as requirements for host cell invasion. Infection and Immunity, 77, 3023-30332. (2009)

 

Galvez Rojas, RL.,Frossard ML., Motta MCM., and Silber AM. L-Proline uptake in Crithidia deanei is influenced by its endosymbiont bacterium. FEMS Letters, 283, 15-22. (2008)

 

Paes LS.*, Galvez Rojas, RL*.,Daliry A., Floeter Winter LM., Ramirez MI. And Silber AM. Active transport of glutamate in Leishmania(Leishmania)amazonensis. Journal of Eukaryotic Microbiology, 55, 382-387. (2008)

 

Silber AM., Galvez Rojas RL., Arias U., Colli W. and Manso Alves MJ. Biochemical characterization of the glutamate transport in Trypanosoma cruzi. International Journal for Parasitology, 36, 157-163. (2006)

Javier Santander Ph.D.Javier Santander Ph.D.

 

Profesor Asistente, Laboratorio de Patogenesis Molecular Bacteriana y Desarrollo de Vacunas, Centro de Genómica y Bioinformática, Universidad Mayor, Chile.

Profesor Adjunto, School of Life Sciences, Arizona State University, USA

 

Email:

javier.santander@umayor.cl,

jasantanderm@asu.edu

 

 

 

 

 

Doctor en Microbiología, School of Life Sciences and Center for Infectious Diseases and Vaccinology, The Biodesign Institute, Arizona State University, Tempe, USA;

Magister en Ciencias Microbiológicas, Instituto de Biología, Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, Chile

Biólogo Marino, Centro de Investigaciones Marinas, Universidad Católica del Norte, Coquimbo, Chile.

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestro laboratorio se dedica a la modificación intencional de microorganismos, principalmente patógenos, para realizar estudios básicos de genética y patogénesis aplicados a problemáticas de salud animal, humana y producción de alimentos. En este contexto, nos enfocamos en las siguientes líneas de investigación: (i) Control de la patogénesis bacteriana para el desarrollo de vacunas vivas recombinantes; (ii) Síntesis de antígenos heterologos para el control de respuestas inmune y/o control del ciclo reproductor del hospedador; (iii) ingeniería metabólica para el desarrollo de inmuno estimulantes; (iv) recombinación cromosomal y evolución acelerada; (v) actividad antibacteriana de productos naturales y sintéticos. Para esto utilizamos herramientas de genética clásica y molecular, bioinformática, bioquímica, microscopia, microgravedad, inmunología y modelos animales (conejo, ratón y pez).

 

Publicaciones (últimos 5 años; *autor correspondiente)

 

Martin, T., I. Diaz, A. Loh, O. Almrza, C. Segovia, R. Curtiss III and J. Santander*.. Glucuronic acid transferase of Edwardsiella ictaluri and fish virulence. Microbial Pathogenesis (submitted). (2015)

 

Santander, J.*, C. Otto, D. Lowry, C. Salas, M. Cuellar, M. Mellado and C. Echiburu-Chau. Antibacterial mechanism of 4-hydroxy-3-(3-methyl-2-butenyl)acetophenone isolated form Senecio graveolens. British Microbiology Research Journal. 5:2 Feb. (2015)

 

Dankel, D., Ch. Baek, K. Brenneman, A. Delgado, M. Fisher, K. Roland, J. Santander, J. Clark-Curtiss, R. Strand*, R. Curtiss III. 2014. Making common sense of vaccines: An example of discussing the Recombinant Attenuated Salmonella Vaccine with the public. Nanoethics (accepted)

 

Santander, J.*, C. Otto, D. Lowry, C. Salas, M. Cuellar, M. Mellado and C. Echiburu-Chau. 2014. Antibacterial mechanism of 4-hydroxy-3-(3-methyl-2-butenyl)acetophenone isolated form Senecio graveolens. British Microbiology Research Journal (submitted)

 

Santander, J.*, J. Kilbourne, J. Y. Park, T. Martin, A. Loh, M. I. Diaz, C. Segovia, R. Rojas, D. DeNardo and R. Curtiss III. 2014. Inflammatory Effects of Edwardsiella ictaluri Lypopolysaccharide in Catfish Gut. Infection and Immunity 80(8): in press.

 

Rojas, R.*, C. Segovia, N. Trombert, J. Santander, P. Manque. 2014. The effect of tunicamycin on the glucose uptake, growth and cellular adhesion in the protozoan parasite Crithidia fasciculate. Current Microbiol. (in press).

 

Echiburu-Chau*, C., Alfaro S., Brown N., Salas C., Cuellar M., Santander J., Ogalde J. P. and Rothhammer F. Selective cytotoxicity elicited by phytochemical extract from Senecio graveolens (Asteraceae) on breast cancer cells enhanced by hypoxia. Int. J. Oncol. 44(4):1357-1364. (2014)

 

Guan, L., J. Santander, M. Mellata, Y. Zhang, and R. Curtiss 3rd*. Identification of an Iron Acquisition Machinery of Flavobacterium columnare. Dis. Aqua. Org. 106: 129–138. (2013)

 

Santander, J.*, T. Martin, A. Loh, C. Pohlez, G. M. Gatlin III and R. Curtiss III. Mechanism of Intrinsic Resistance to Antimicrobial Peptides of Edwardsiella ictaluri and its Influence on Fish Virulence and Gut Inflammation. Microbiology. 159:1471-1486. doi:10.1099/mic.0.066639-0. (2013)

 

León, M., J. Santander, R. Curtiss III, and J. Robeson*. Natural Lysogenization and Transduction in Salmonella enterica Serovar Choleraesuis by Bacteriophage P1. Research in Microbiology. 164(1):1-5. (2013)

 

Santander, J.* Edwardsiellosis, an Emerging Enteric Zoonotic of Aquatic Animals. Immunity and Diseases. 1(1):1-2. (2012)

 

Santander, J.* G. Golden, Soo-Young Wanda, and R. Curtiss III. The Fur Regulated Iron Uptake System of Edwardsiella ictaluri and its Influence on Pathogenesis and Immunogenicity in the Catfish Host. Infection and Immunity 80(8): 2689-2703. (2012)

 

Xin, W., S. Y. Wanda, X. Zhang, P. Alamuri, J. Santander, G. Scarpellini, K. Ellis, and R. Curtiss III*. Developing new non-antibiotic dual-plasmids Salmonella delivery system for carrying multiple pneumococcal antigens enhances protection against S. pneumoniae. Infection and Immunity. 80(10): 3621-3633. (2012)

 

Mellata, M.*, J. Maddux, T. Nam, N. Thomson, H. Hauser, M. Stevens, S. Mukhopadhyay, S. Sarker, A. Crabbé, C. Nickerson, J. Santander, R. Curtiss III. New Insights into the Fitness-associated Mechanisms of ExPECs Revealed by the Genotypic and Phenotypic Characterization of Large Plasmids of APEC χ7122 (O78:K80:H9). PloSOne. 7(1):e29481. (2012)

 

Santander, J, A. Mitra, and R. Curtiss III*. Phenotype, Virulence, and Immunogenicity of Edwardsiella ictaluri Cyclic Adenosine 3’,5’-Monophosphate Receptor Protein (Crp) Mutants in Catfish Host. Fish and Shellfish Immunology. 31:1142-1153. (2011)

 

Santander, J., W. Xin, Z. Yang, and R. Curtiss III*. The aspartate-semialdehyde dehydrogenase of Edwardsiella ictaluri and its use as balanced-lethal system in fish vaccinology. PloS One. 5(12):e15944. (2010)

 

Shi, H.Y, J. Santander, K. Brenneman, S. Y. Wanda, S. Wang, P. Senechal, W. Sun, K. Roland, and R. Curtiss III*. 2010. Live Recombinant Salmonella enterica Serovar Typhi Vaccines Constructed to Investigate the Role of rpoS in Eliciting Immunity to a Heterologous Antigen. PloSOne. 5: e11142

 

Santander, J., and R. Curtiss III*. Salmonella enterica Serovars Typhi and Paratyphi A are avirulent in newborn and infant mice even when expressing virulence plasmid genes of S. Typhimurium. J. Infection in Developing Countries. 4(11):723-731. doi:10.3855/jidc.1218. (2010)

Juan Ugalde Ph.D.Juan Ugalde Ph.D.

 

Profesor Asistente, Centro de Genómica y Bioinformática,

Facultad de Ciencias, Universidad Mayor.

 

Email: juanuu@gmail.com

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Licenciado en Ingeniería en Biotecnología Molecular, Universidad de Chile.

Doctor en Biología Marina, Scripps Institution of Oceanography, UC San Diego

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestro grupo esta interensado en estudiar la diversidad, evolución y adaptación de microorganismos a traves de multiples aproximaciones que incluyen el secuenciamiento organismos individuales y comunidades ambientales (metagenómica), entre otras metodologías. En particular estamos enfocados en el analisis bioinformatico de estos resultados, a traves de la utilización de herramientas ya existentes, como tambien desarrollando nuevos pipelines de analisis y herramientas de visualización. Algunos de nuestros proyectos actuales incluyen: (i) El estudio de la diversidad genética en comunidades microbianas (especialmente en comunidades asociadas a altas concentraciones de sal), (ii) Genomica comparativa de multiples especies microbianas, incluyendo organismos de relevancia clínica, (iii) Desarrollo de metodologías para la detección y visualización de eventos de transferencia horizontal.

 

Últimas Publicaciones:

 

Plominsky, A.M., Delherbe, N., Ugalde, J.A., Allen, E.E., Blanchet, M., Ikeda, P., Santibañez, Hanselmann, K., Ulloa, O., De La Iglesia, R., von Dassow, P., Astorga, M., Gálvez, M.J., González., M.L., Henríquez-Castillo, C., Vaulot, D., Lopes do Santos, A., van den Engh, G., Gimpel, C., Bertoglio, F., Delgado, Y., Docman, F., Elizondo-Patrone, C., Narváez, S., Sorroche, F., Rojas-Herrera, M., Trefault, N. Metagenome Sequencing of the Microbial Community of a Solar Saltern Crystallizer Pond. Genome Announc. 2(6): e01172-14. doi:10.1128/genomeA.01172-14. (2014)

 

Valenzuela, C., Ugalde, J.A., Mora, G.C., Alvarez, S., Contreras, I., Santiviago, C.A. Draft genome sequence of Salmonella enterica serovar Typhi strain STH2370. Genome Announc. 2(1): e00104-14. doi:10.1128/genomeA.00104-14. (2014)

 

Malfatti, F., Turk, V., Tinta, T., Mozetic, P., Manganelli, M., Samo, T., Ugalde J.A., Kovac, N., Stefanelli, M., Antonioli, M., Fonda-Umani, S., Del Negro, P., Cataletto, B., Hozic Zimmermann, A., Ivoševič Denardi, N., Zutič, V., Svetličič, V., Mišic Radič,T., Radič, T., Fuchs D., Azam, F. (2014). Microbial mechanisms coupling carbon and phosphorous cycles in phosphorous-limited northern Adriatic Sea, and response to phosphorous enrichment. Science of the Total Environment. 470:1173-1183. (2014)

 

Ugalde, J.A., Narasingarao, P., Kuo, S., Podell, S., Allen, E.A. Draft Genome Sequence of Candidatus Halobonum tyrrellensis Strain G22, Isolated from the Hypersaline Waters of Lake Tyrrell, Australia. Genome Announc. 1(6):e01001-13. doi:10.1128/genomeA.01001-13. (2013)

 

Podell, S., Emerson, J., Jones, C.M., Ugalde, J.A., Welch, S., Heidelberg, K.B., Banfield, J.F., Allen, E.E. Seasonal Fluctuations in Ionic Concentrations Drive Microbial Succession in a Hypersaline Lake Community. ISME Journal. Advance online publication, December 12, 2013; doi:10.1038/ismej.2013.221. (2013)

 

Kharbush, J., Ugalde J.A., Hogle, S., Allen, E.E., Aluwihare, L. Diversity of composite bacterial hopanoids and their microbial producers across oxygen gradients in the water column of the California Current. Applied and Environmental Microbiology. Published ahead of print, doi:10.1128/AEM.02367- 13. (2013)

 

Ugalde, J.A., Gallardo, M.J., Belmar, C., Munoz, P., Ruiz-Tagle, N., Ferrada- Fuentes, S., Espinoza, C., Allen, E.E., Gallardo, V.A. (2013). Microbial life in a Fjord: Metagenomic analysis of a microbial mat in Chilean Patagonia. PLoS ONE 8(8): e71952. (2013)

 

Podell, S., Ugalde, J.A., Narasingarao, P., Banfield, J.F., Heidelberg, K.B., Allen, E.E. Assembly-Driven Community Genomics of a Hypersaline Microbial Ecosystem. PLoS ONE 8(4): e61692. (2013)

 

Ugalde, J.A., Podell, S., Narasingarao P., Allen, E.E. Xenorhodopsins, an enigmatic new class of microbial rhodopsins horizontally transferred between archaea and bacteria. Biology Direct 6:52. (2011)

 

Narasingarao, P., Podell, S., Ugalde, J.A., Brochier-Armanet, C., Emerson, J.B., Brocks, J.J., Hei- delberg, K.B., Banfield, J.F., Allen, E.E. De novo metagenomic assembly reveals abundant novel major lineage of Archaea in hypersaline microbial communities. ISME Journal. Advance online publication, June 30. doi:10.1038/ismej.2011.78. (2011)

Vinicius Maracaja-Coutinho Ph.DVinicius Maracaja-Coutinho Ph.D

 

Profesor Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática

del Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: vinicius.coutinho@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Doctor en Bioinformática de la Universidad de Sao Paulo, Brasil.

Licenciado en Ciencias Biológicas de la Universidad Federal de Paraiba, Brasil.

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestro grupo está interesado en aplicar, desarrollar y integrar distintos enfoques bioinformáticos y conjuntos de datos generados por tecnologías masivas (genomas, ESTs, microarrays, NGS, ChIP-chip, ChIP-seq) para estudiar los diferentes aspectos funcionales, evolutivos y asociación con enfermedades de los ARNs no codificantes en los más variados grupos evolutivos. El grupo también trabaja en el desarrollo de herramientas, pipelines y bases de datos para el análisis de informaciones biológicas. Otro interés de nuestro grupo es Digital Science, que se centra en la aplicación de los nuevos medios digitales, redes sociales y diferentes aspectos de la ciencia colaborativa y creativaen la investigación.

 

Últimas Publicaciones:

 

Olmos, A; Henríquez-Piskulich, P; Sánchez, C; Rojas-Herrera, M; Moreno, M; Gómez, M; Da Silva, RR; Maracaja-Coutinho, V; Aldea, P; Trombert, A. Draft genome sequence of Lactobacillus kunkeei strain MP2 isolated from Chilean Apis mellifera gut. Genome Announcements 2(5),e01013-14(2014).

 

Yañez, AJ; Molina, C; Haro, RE; Mendoza, J; Rojas-Herrera, M; Trombert, A; Silva, AX; Cárcamo, JG; Figueroa, J; Polanco, V; Manque, P; Maracaja-Coutinho, V; Olavarría, VH. Draft genome sequence of the virulent strain AUSTRAL-005 of Piscirickettsia salmonis, the etiological agent of piscirickettsiosis (SPS). Genome Announcements2(5), e00990-14(2014)

 

Fachel, AA; Tahira, AC; Vilella-Arias, SA; Maracaja-Coutinho, V; Gimba, ERP; Vignal, GM; Campos, FS; Reis, EM; Verjovski-Almeida, S. Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations. Molecular Cancer12:140(2013)

 

*Paschoal AR, *Maracaja-Coutinho  V, Setubal  JC, Simões  ZLP, Verjovski-Almeida S, Durham AM. Non-coding transcription characterization and annotation: a guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA Biology 9, 274-284 (2012). * Both authors contributed equally to this work.

 

Tahira AC, Kubrusly MS, Faria MF, Dazzani, B, Fonseca RS, Maracaja-Coutinho V, Verjovski-Almeida S, Machado, MCC Reis, EM. Long noncoding intronic RNAs are differentially expressed in primary and metastatic pancreatic cancer. Molecular Cancer 13, 10:141 (2011). 

 

Oliveira KC, Carvalho MLP, Maracaja-Coutinho V, Kitajima JP, Verjovski-Almeida S. Non-coding RNAs in Schistosomes: an unexplored world. An. Acad. Bras. Ciênc 83, 673-694 (2011).

 

Queiroz ATL, Maracaja-Coutinho V, Jardim ACG, Rahal P, Matioli SR, Mello IMVGC. Relation of pretreatment sequence diversity in NS5A region of Hepatitis C virus gen 1 with immune response between peg-INF/rib therapy outcomes. J Viral Hepat 18, 142-148 (2011).

 

Dias AM, Queiroz ATL, Maracaja-Coutinho V. Schizophrenia, brain disease and meta-analyses: integrating the pieces and testing Fusar-Poli's hypothesis. Med Hypotheses 74, 142-144 (2010).

 

Anette Trombert Ph.D.Anette Trombert Ph.D.

 

Profesora Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática

del Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: annette.trombert@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Doctora en Biociencias Moleculares de la Universidad Andrés Bello, Chile.

Postdoctorado en Genómica, Universidad Mayor, Chile.

Bioquímica de la Pontificia Universidad Católica de Chile.

Licenciada en Bioquímica de la Pontificia Universidad Católica de Chile.

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestro laboratorio tiene como objetivo el estudio y caracterización de bacterias ácido-lácticas (LAB´s) y bacterias inocuas en general para su aplicación como probióticos, vacunas Y/o como un complemento para el tratamiento o prevención de enfermedades en humanos y animales prefentemente de interés comercial. Nuestra expertiz son las técnicas y herramientas de biología molecular aplicadas a la modificación genética para el mejoramiento de las cualidades de las LAB´s y la caracterización a nivel genómico y genético de las misma para la búsqueda de nuevos blancos para su aplicación en Medicina y Biotecnología.

 

Últimas Publicaciones:

 

Olmos A, Henríquez-Piskulich P, Sánchez C, Rojas-Herrera M, Moreno M, Gómez M, Rodríguez Da Silva R, Maracaja-Coutinho V, Aldea P and Trombert A Draft genome sequence of Lactobacillus kunkeei strain MP2 isolated from Chilean Apis mellifera gut Genome Announc. 2(5). Pii: e01013-14. (2014).

 

Yañez A, Molina C, Haro R, Mendoza J, Rojas-Herrera M, Trombert A, Silva A, Cárcamo J, Figueroa J, Polanco V, Manque P, Maracaja-Coutinho V and Olavarría V. Draft genome sequence of virulent strain AUSTRAL -005 of Piscirickettsia salmonis, the etiological agent of piscirickettsiosis (SPS). Genome Announc. 2(5). Pii: e0090-14. (2014).

 

Trombert AN. Recombinant lactic acid bacteria as delivery vectors of heterologous antigens: the future of vaccination. Beneficial microbes 22:1-12. (2014).

 

Rojas R, Segovia C, Trombert AN, Santander J, Manque P. The effect of tunicamycin on the glucose uptake, growth and cellular adhesion in the protozoan parasite Crithidia fasciculate. Current Microbiol 69(4): 541-8. (2014).

 

Trombert AN, Rodas PI and Mora G . Reduced invasion to human epithelial cell lines of S. Typhi carrying S. Typhimurium sopD2. FEMS Microbiol Lett 322, 150-156 (2011).

 

Trombert AN, Rodas PI and Mora G Reduced invasion to human epithelial cell lines of S. Typhi carrying S. Typhimurium sopD2. FEMS Microbiol Lett. 2011 Jun 24. doi: 10.1111/j.1574-6968.2011.02347.x. (2011).

 

Rodas PI, Trombert AN, Mora G. A holin remnant protein encoded by STY1365 is involved in envelope stability of Salmonella enterica serovar Typhi. FEMS Microbiology Letter 321, 58-66 (2011).

 

Trombert AN, Berrocal L, Fuentes J and Mora G . S. Typhimurium sseJ gene decreases the S. Typhi  cytotoxicity toward cultured epithelial cells. BMC Microbiol 7, 10:312 (2010).

 

César Mattar Ph.D.César Mattar Ph.D.

 

Profesor Asistente, Laboratorio de Ecotoxicología Molecular Ambiental

del Centro de Genómica y Bioinformática, Facultad de Ciencias, Universidad Mayor.

 

Email: cesar.mattar@umayor.cl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Doctor en Ciencias Silvoagropecuarias y Veterinarias de la Universidad de Chile, Chile.

Magíster en Medio Ambiente con Mención en Gestión y Ordenamiento Ambiental del Programa de Gestión y Ordenamiento Ambiental (PROGOA), Facultad de Ingeniería de la Universidad de Santiago de Chile.

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestra área de interés es el Medio Ambiente considerando en él principalmente estudios de contaminación ambiental y evaluación del riesgo ecológico, los que son abordados a través de la Ecotoxicología, determinando las concentraciones de exposición a los xenobióticos o a sustancias naturales y sus efectos en los diferentes compartimentos ambientales. De igual modo estamos desarrollando biosensores ópticos bacterianos para la detección semicuantitativa de diferentes xenobióticos, así como también el desarrollo de biofiltros. Para ellos usamos herramientas biomoleculares, de ingeniería genética y OMICS en general.

También abordamos el Medio Ambiente desde la conservación de la biodiversidad, principalmente con estudios a distintas escalas espaciales y temporales de las poblacionales de fauna silvestre. Así hemos trabajado con macroinvertebrados bentónicos, peces, anfibios, aves y micromamíferos.

 

Últimas Publicaciones:

 

Minoletti A, Alvardo S y Mattar C. Conducta reproductiva de una pareja de peuquitos (Accipiter chilensis) en Altos de Chicauma, Chile central. Boletín Chileno de Ornitología 20 : 00−00/Comunicación Breve. Edición especial: aves rapaces del bosque templado austral. (2014)

 

Mattar C*, Bustos-López C, Valdovinos CE, Finizio A. Using pesticide risk indicators for surface water systems under Latin American conditions: a case study for the VI Region of Chile. (Article on peer review in Journal of Environmental Management)

 

Mattar C*, Finizio A, Cattan PE, C Bustos-López. Application of rating systems to classify the ecotoxicological risk for pesticides in terrestrial environments, VI Region, Chile. (Manuscript in preparation).

 

Larenas J, Jaque M, Bustos-López C, Robles C, Lobos G, Mattar C & CE Valdovinos. Histopathological findings in Gonads of Xenopus laevis from Central Chile. Gayana 78(1). (2014)

 

Samsing F, Bustos-López C, Schoffer JT, Mattar C, González A, Robles C, Acevedo O y CE Valdovinos. Insumos utilizados en la preparación de alimentos en producción porcina y su potencial de contaminación por dioxinas en la carne. Arch Med Vet 43, 3: 287-294. (2011)

 

Schoffer JT, Bustos-López C, Sotomayor P, Mattar C, González A, Robles C, Samsing F, Acevedo O y Valdovinos CE. Aplicación del bioensayos EROD-H4IIE para la determinación de dioxinas en carne de pollos broiler: Un estudio de equivalencia con la cromatografía de gases de alta resolución acoplada a espectrometría de masas de alta resolución. Arch Med Vet 43, 259-266. (2011)

 

Valdovinos, C.E. Bruna M, González A., Mattar, C., Pattillo C, Sotomayor, P., Silva, P., Rodríguez, M. Evaluación de la contaminación del río Aconcagua, Chile. En Química y Toxicología Ambiental en América Latina. Editor Jorge Herkovits. Society of Environmental Toxicology and Chemistry SETAC. Pp 53-55. (2009)

 

Cassarà G., Mattar C., Valdovinos C. y Finizio A. Uso di indici di rischio per la gestione sostenibile dei prodotti fitosanitari a livello di azienda agraria. XVI National Congress of the Italian Society of Ecology. 16-22 de Septiembre Disponible en: http://www.ecologia.it/congressi/XVI/articles/ (2006)

Hugo Madrid Lorca Ph.D. Hugo Madrid Lorca Ph.D.

 

Profesor Asistente, Centro de Genómica y Bioinformática,

Facultad de Ciencias, Universidad Mayor

 

Email: hugo.madrid@umayor.cl, hugo.madrid@gmail.com

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Investigador postdoctoral en filogenia y taxonomía fúngica en el CBS-Fungal Biodiversity Centre, Utrecht, Holanda.

Doctor por la Universidad Rovira i Virgili, Tarragona, España (programa de Enología y Biotecnología)

Tecnólogo Médico con mención en Laboratorio Clínico, Hematología y Banco de Sangre, Universidad de Chile

 

Líneas de Investigación:

 

Se estima que existen más de un millón de especies fúngicas en nuestro planeta, de las cuales conocemos menos del 10%. Cada año se descubren nuevas especies de hongos de importancia clínica e industrial, así como patógenos de plantas y especies saprófitas. En Chile existen escasos estudios sobre biodiversidad fúngica y la gran mayoría de ellos solamente han empleado métodos tradicionales basados en características fenotípicas. Nuestra línea de investigación se enfoca al estudio de la biodiversidad y filogenia de hongos de Chile y otras partes de mundo, utilizando un esquema polifásico que combina morfología, fisiología y análisis de secuencias de ADN. Actualmente estamos trabajando en la descripción de nuevas especies de hongos ambientales y de importancia médica, así como en una revisión de los géneros Bipolaris, Drechslera, Curvularia y Exserohilum. Estos cuatro géneros se denominan colectivamente “hongos graminícolas helmintosporioides” e incluyen numerosos fitopatógenos de gran importancia en agricultura y patógenos oportunistas del ser humano y otros vertebrados. Nuestros trabajos se están llevando a cabo con el apoyo de FONDECYT y en colaboración con el CBS-Fungal Biodiversity Centre, Utrecht, Holanda.

 

Últimas Publicaciones:

 

Madrid H, da Cunha KC, Gené J, Dijksterhuis J, Cano J, Sutton DA, Guarro J, Crous PW. Novel Curvularia species from clinical specimens. Persoonia 33: 48–60. (2014)

 

Tan YP, Madrid H, Crous PW, Shivas RG. Johnalcornia gen. et. comb. nov., and nine new combinations in Curvularia based on molecular phylogenetic analysis. Australasian Plant Pathology 43: 589–603. (2014)

 

Manamgoda DS, Rossman AY, Castlebury LA, Crous PW, Madrid H, Chukeatirote E, Hyde KD. The genus. Bipolaris. Studies in Mycology 79: 221–288. (2014)

 

da Cunha KC, Sutton DA, Gené J, Cano J, Capilla J, Madrid H, Decock C, Wiederhold NP, Guarro J. Pithomyces species (Montagnulaceae) from clinical specimens: identification and antifungal susceptibility profiles. Medical Mycology 52: 748–757. (2014)

 

Wijayawardene NN, Crous PW, Kirk PM, Hawksworth DL, Boonmee S, Braun U, Dai D-Q, D’Souza MJ, Diederich P, Dissanayake A, Doilom M, Hongsanan S, Gareth-Jones EB, Groenewald JZ, Jayawardena R, Lawrey JD, Liu JK, Lücking R, Madrid H, Manamgoda DS, Muggia L, Nelsen MP, Phookamsak R, Suetrong S, Tanaka K, Thambugala KM, Wanasinghe DN, Wikee S, Zhang Y, Aptroot A, Ariyawansa HA, Bahkali AH, Bhat DJ, Gueidan C, Chomnunti P, De Hoog GS, Knudsen K, Li W-J, McKenzie EHC, Miller AN, Phillips AJL, Piątek M,Raja HA, Shivas RS, Slippers B, Taylor JE, Tian Q, Wang Y, Woudenberg JHC, Cai L, Jaklitsch WM, Hyde KD. Naming and outline of the Dothideomycetes including proposals for the protection or supression of generic names. Fungal Diversity 69:1–55. (2014)

 

Giraldo A, Gené J, Sutton DA, Madrid H, de Hoog GS, Cano J, Decock C, Crous PW, Guarro J.. Phylogeny of Sarocladium (Hypocreales). Persoonia 34: 10–24. (2014)

 

Amaradasa BS, Madrid H, Groenewald JZ, Crous PW. Porocercospora seminalis gen. et comb. nov., the causal organism of buffalograss false smut. Mycologia 106:77–85. (2014)

 

Hernández-Restrepo M, Gené J, Mena-Portales J, Cano J, Castañeda-Ruiz C, Madrid H, Guarro J. Description of two new species of Cordana from plant debris in Spain and epitypification of the genus. Mycologia 106: 723–734. (2014)

 

Giraldo A, Gené J, Sutton DA, Madrid H, Cano J, Crous PW, Guarro J. Phylogenetic circumscription of Arthrographis (Eremomycetaceae, Dothideomycetes). Persoonia 32: 102–114. (2014)

 

Crous PW, Wingfield MJ, Guarro J, Cheewangkoon R, van der Bank M, Swart WJ, Stchigel AM, Cano-Lira JF, Roux J, Madrid H, Damm U, Wood AR, Shuttleworth LA, Hodges CS, Munster M, de Jesús Yáñez-Morales M, Zúñiga-Estrada L, Cruywagen EM, de Hoog GS, Silvera C, Najafzadeh J, Davison EM, Davison PJ, Barrett MD, Barrett RL, Manamgoda DS, Minnis AM, Kleczewski NM, Flory SL, Castlebury LA, Clay K, Hyde KD, Maússe-Sitoe SN, Chen S, Lechat C, Hairaud M, Lesage-Meessen L, Pawłowska J, Wilk M, Sliwińska-Wyrzychowska A, Mętrak M, Wrzosek M, Pavlic-Zupanc D, Maleme HM, Slippers B, Mac Cormack WP, Archuby DI, Grünwald NJ, Tellería MT, Dueñas M, Martín MP, Marincowitz S, de Beer ZW, Perez CA, Gené J, Marin-Felix Y, Groenewald JZ. Fungal Planet description sheets; 154–213. Persoonia 31: 188–296. (2013)

 

Edathodu J, Al-Abdely HM, AlThawadi S, Wickes BL, Thompson EH, Wiederhold NP, Madrid H, Sutton DA, Guarro J. Invasive Fungal infection due to Triadelphia pulvinata in a patient with acute myeloid leukemia. Journal of Clinical Microbiology 51: 3426–3429. (2013)

 

da Cunha KC, Sutton DA, Fothergill AW, Gené J, Cano J, Madrid H, de Hoog S, Crous PW, Guarro J. In vitro antifungal susceptibility and molecular identity of 99 clinical isolates of the opportunistic fungal genus Curvularia. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease 76: 168–174. (2013)

 

Manamgoda DS, Cai L, McKenzie EHC, Crous PW, Madrid H, Chukeatirote E, Shivas RG, Tan YP, Hyde KD. A phylogenetic and taxonomic re-evaluation of the Bipolaris-Cochliobolus-Curvularia complex. Fungal Diversity 56: 131–144. (2012)

 

Brun S, Madrid H, Gerrits van den Ende B, Andersen B, Marinach-Patrice C, Mazier D, de Hoog GS. Multilocus phylogeny and MALDI-TOF analysis of the plant-pathogenic species Alternaria dauci and relatives. Fungal Biology 117: 32–40. (2012)

 

Da Cunha KC, Fothergill AW, Cano J, Gené J, Madrid H, de Hoog S, Crous PW, Guarro J. Diversity of Bipolaris species in clinical samples in the United States and their antifungal susceptibility profiles. Journal of Clinical Microbiology 50: 4061–4066. (2012)

 

Madrid H, Gené J, Cano J, Guarro J. A new species of Leptodiscella. Mycological Progress 11: 535–541. (2011)

 

Madrid H, Cano J, Gené J, Guarro J. 2011. Two new species of Cladorrhinum. Mycologia 103: 795–805. (2011)

 

Madrid H, Gené J, Cano J, Silvera C, Guarro J. Sporothrix brunneoviolacea and Sporothrix dimorphospora, two new members of the Ophiostoma stenoceras-Sporothrix schenckii complex. Mycologia 102: 1193–1203. (2010)

 

Madrid H, Cano J, Stchigel A, Gené J, Guarro J. Ramophialophora humicola and Fibulochlamys chilensis, two new microfungi from soil. Mycologia 102: 605–612. (2010)

 

Ruiz-Cendoya M, Madrid H, Pastor FJ, Mayayo E, Mariné M, Guarro J. Development of murine models of disseminated infection by Neoscytalidium dimidiatum. Medical Mycology 48: 681–686. (2010)

 

Ruiz-Cendoya M, Madrid H, Pastor J, Guarro J. Evaluation of antifungal therapy in a neutropenic murine model of Neoscytalidium dimidiatum infection. International Journal of Antimicrobial Agents 35: 152–155. (2010)

 

Madrid H, Ruiz-Cendoya M, Cano J, Stchigel J, Orofino R, Guarro J. Genotyping and in vitro antifungal susceptibility of Neoscytalidium dimidiatum isolates from different origins. International Journal of Antimicrobial Agents 34: 351–354. (2009)

 

Madrid H, Cano J, Gené J, Bonifaz A, Toriello C, Guarro J. Sporothrix globosa, a pathogenic fungus with widespread geographical distribution. Revista Iberoamericana de Micología 26: 218–222. (2009)

Ute Woehlbier Ph.D.Ute Woehlbier Ph.D.

 

Profesora Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática del

Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor.

 

Email: uwoehlbier@yahoo.de

 

 

 

 

 

1998 – 2003 M.Sc./Dipl. Biol. en Biología Molecular de la Universidad de Heidelberg, Alemania.

2004 – 2007 Doctora en Ciencias Naturales de la Universidad de Heidelberg, Alemania.

2007 – 2010 Investigadora Postdoctoral en Parasitología de la Virgina Commonwealth University,USA.

2010 – 2013 Investigadora Postdoctoral en Neurociencia de la Universidad de Chile, Chile.

 

Líneas de Investigación:

 

Enfermedades neurodegenerativas, como la enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Parkinson o la Esclerosis Lateral Amiotrófica se caracterizan por presentar cambios morfológicos y fisiopatológicos distintivos, sin embargo todos ellas comparten el mal plegamiento, deslocalización y agregación de proteínas en el sistema nervioso central. De esta manera, proteínas u orgánelos disfuncionales deben ser reconocidos y reparados o degradados. La autofagia y la endocitosis son vías de degradación celular evolutivamente conservadas. La disfunción de las dos vías está cada vez más implicada en los trastornos neurodegenerativos. Por otro lado es interesante destacar que la vía de la autofagia / endolisosomal es requerida para el funcionamiento normal de las sinapsis. En condiciones patológicas, ambas vías son activadas para eliminar las proteínas defectuosas y organelos que fallan. Actualmente, en colaboración con el laboratorio de Patricio Manque estamos investigando la función de una proteína previamente no caracterizada que se identificó usando un análisis bioinformático de convergencia que combino todos los datos OMICs asociados a ELA. Nuestros resultados hasta ahora indican que esta nueva proteína está implicada en la autofagia / vía endolisosomal y se modula durante la patogénesis del ELA.

 

Últimas Publicaciones:

 

Gonzalez-PerezP*, Woehlbier U*,Chian RJ, Sapp P, Rouleau G, Leblond CS, Daoud H, Dion PA, Landers JE, Hetz C, Brown RH. Identification of Protein Disulfide Isomerase Gene Variants in Amyotrophic Lateral Sclerosis patients. (*equal contribution. Submitted)

 

Roche JK, Rojo AL, Costa LB, Smeltz R, Manque P, Woehlbier U, Bartelt L, Galen J, Buck G, Guerrant RL. Intranasal vaccination in mice with an attenuated Salmonella entericaSerovar 908htr A expressing Cp15 of Cryptosporidium: impact of malnutrition with preservation of cytokine secretion.Vaccine 31, 912-918 (2013).

 

Andreu CI*, Woehlbier U*, Torres M, Hetz C. Protein disulfide isomerases in neurodegeneration: from disease mechanisms to biomedical applications.FEBS Letters,586(18):2826-34 (2012).Review. (*equal contribution)

 

Torres M, Cartier L, Matamala JM, Hernández N, Woehlbier U, Hetz C. Altered prion protein expression pattern in CSF as a biomarker for Creutzfeldt-Jakob disease.PLoS One 7, e36159 (2012).

 

Manque PA*, Woehlbier U*, Lara AM, Tenjo F, Alves JM, Buck GA. Identification and characterization of a novel calcium-activated apyrase from Cryptosporidium parasites and its potential role in pathogenesis.PLoS One 7, e31030 (2012).(*equal contribution)

 

Manque PA, Tenjo F, Woehlbier U, Lara AM, Serrano MG, Xu P, Alves JM, Smeltz RB, Conrad DH, Buck GA. Identification and immunological characterization of three potential vaccinogens against Cryptosporidiumspecies.Clin Vaccine Immunol 18, 1796-1802 (2011).

 

Woehlbier U, Hetz C. Modulating stress responses by the UPRosome: a matter of life and death. TrendsBiochem Sci. 2011 Jun;36(6):329-37. (2011) Review.

 

Woehlbier U,Epp C, Hackett F, Blackman MJ, Bujard H. Antibodies against multiple merozoite surface antigens of the human malaria parasite Plasmodium falciparum inhibit parasite maturation and red blood cell invasion. Malar J 18;9:77 (2010).

 

Koussis K, Withers-Martinez C, Yeoh S, Hackett F, Knuepfer E, Juliano L, Woehlbier U,Bujard H, Blackman MJ. A multifunctional serine protease primes the malaria parasite for red blood cell invasion. EMBO J 28, 725-735 (2009).

 

Fabiola Fernández Silva PhD. TMFabiola Fernández Silva PhD. TM

 

Profesor Asistente del Centro de Genómica y Bioinformática,

Facultad de Ciencias, Universidad Mayor.

 

Email: Fabiola.fernandez@umayor.cl

 

 

 

 

 

Doctora en Biomedicina de la Universidad Rovira i Virgili, Tarragona , España.

Tecnólogo Médico de la Universidad Austral de Chile.

 

Líneas de Investigación:

 

Nuestra línea de investigación está enfocada en el estudio de los mecanismos moleculares de la patogenicidad y resistencia a antifúngicos involucrados en los procesos infecciosos causados por patógenos fúngicos emergentes tanto en modelo murino comoen Galleria mellonela. Además el estudio y caracterización de la respuesta inmunológica asociado a estos patógenos, con el fin de identificar dianas para el desarrollo de biomarcadores y drogas antifúngicas.

 

Últimas Publicaciones:

 

Mayayo E, Fernández-Silva F. Fungal prostatitis: an update. Anal Quant Cytopathol Histpathol. Jun;36(3):167-76. (2014)

 

Lackner M, Fernández-Silva F, Guarro J, Lass-Flörl C. Assessing micafungin/triazole combinations for the treatment of invasive scedosporiosis due to Scedosporium apiospermum and Scedosporium boydii. J Antimicrob Chemother. Jun 30. pii: dku224. (2014)

 

F. Fernández-Silva, Javier Capilla, Emilio Mayayo, Deanna Sutton, Josep Guarro. Combination therapy in the treatment of experimental invasive fungal infection by Sarocladium (Acremonium) kiliense. International Journal of Antimicrobial Agents. Nov;69(11):3027-32. doi: 10.1093/jac/dku224. Epub 2014 Jun 30. (2014)

 

F. Fernández-Silva, Michaela Lackner, Javier Capilla, Emilio Mayayo , Deanna Sutton, Mariana Castanheira, , Annette W Fothergill, Cornelia Lass-Flörl, Josep Guarro. In vitro antifungal susceptibility of Candida glabrata to caspofungin and the presence of FKS mutations correlate with treatment response in an immunosuppressive murine model of invasive infection. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Aug;44(2):136-9. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2014.03.010. Epub 2014 Apr 30. (2014)

 

F. Fernández-Silva, Javier Capilla, Emilio Mayayo, Deanna A. Sutton, Josep Guarro. In vitro evaluation of combinations of antifungal drugs against Sarocladium (Acremonium)kiliense, an opportunistic emergent fungus resistant to antifungal therapies. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 58(2):1259-1260. (2014)

 

F. Fernández-Silva, Javier Capilla, Emilio Mayayo, Deanna A. Sutton, Pilar Hernández, Josep Guarro. Evaluation of the efficacy of amphotericin B, posaconazole, voriconazole and anidulafungin in a murine disseminated infection by the emerging opportunistic fungus Sarocladium (Acremonium) kiliense. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 57(12):6265-9. (2013)

 

F. Fernández Silva , Capilla J, Mayayo E, Guarro J. Modest efficacy of voriconazole against murine infections by Sporothrix schenckii and lack of efficacy against Sporothrix brasiliensis. Mycoses. 57(2):121-4. (2014)

 

F. Fernández Silva , Capilla J, Mayayo E, Sutton DE, Guarro J. Experimental murine acremoniosis: an emerging opportunistic human infection. Medical Mycology. 52(1): 29-35. (2014)

 

F. Fernández Silva , Capilla J, Mayayo E, Guarro J. Virulence of Sporothrix luriei in a Murine Model of Disseminated Infection. Mycopathologia. 173(4):245-249. (2012)

 

F. Fernández Silva , Capilla J, Mayayo E, Guarro J. Efficacy of posaconazole in murine experimental sporotrichosis. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 56(5):2273-2277. (2012)

 

Mario J. González, María P. Villanueva, Fadua Latif, Fabiola Fernández and Heriberto Fernández. Adhesive and invasive capacities of Edwarsiella tarda isolated from South American sea lion. Brazilian Journal of Microbiology (BJM-2013-1355). (2011)

 

González-Fuentes M, Latif F, Fernández F, Villanueva MP, Ulloa J, Fernández H. Especies de la Familia Enterobacteriaceae en heces de lobo marino común, Otaria flavescens (Shaw 1800) establecido en el río Valdivia. Revista de biología marina y oceanografia. 45 (2):331-334. (2010)

 

Mario J. González, María P. Villanueva, Fadua Latif, Fabiola Fernández and Heriberto Fernández. Aislamiento de Plesiomonas shigelloides y Aeromonas veronii biotipo sobria en heces de lobo marino común sudamericano, Otaria flavescens (shaw, 1800). Revista de biología marina y oceanografía. 44(3):763-765. (2010)

 

banner1banner1banner1banner1